「同門会賞」は筆頭著者として発表した臨床的論文（英文、和文）を対象とし、審査会で最高の評価を得た論文の著者に対して授与される。
「理事長賞」は筆頭著者として発表した論文のうち、最高のIFを獲得した論文の著者に対して授与される。
「奨励賞」は、研究的、臨床的、又は社会的に貢献をあげた正会員に対して授与される。
「若手外科医賞」は、卒年度10年以内の医師の中で、滋賀医科大学外科学講座の講座長2名により優秀と認められた論文に対して授与される。